Bez zbytniej przesady, system wentylacji mechanicznej w domu pasywnym, możemy nazwać najważniejszą instalacją. Funkcja komfortowej wentylacji poszczególnych pomieszczeń kompatybilna z system dogrzania strumienia powietrza dolotowego lub działająca w „kogeneracji” z innymi źródłami takimi jak pompa ciepła, elektryczne ogrzewanie kumulacyjne lub biokominek, odróżnia ten system znacząco od nieprawidłowo działającej lub całkowicie niedziałającej wentylacji grawitacyjnej, wykonywanej (niestety) w większości nowych domów mieszkalnych.
Prawidłowo wykonana wentylacja mechaniczna daje odczuwalny efekt bardzo zbliżony do sprawnie działającej klimatyzacji, ale bardzo małym kosztem tj. 5-10 zł miesięcznie zamiast nawet kilkunastokrotnie większych kosztów działającej klimatyzacji ( w miesiącach letnich).
Niezwykle istotną sprawą jest dobór odpowiedniego rekuperatora. Niestety na rynku jest bardzo wiele urządzeń, których wysoka sprawność zrodziła się tylko w głowach speców od marketingu, a cechą charakterystyczną takich rekuperatorów jest ich „sprawne” zamarzanie w okresie zimowym.